Die Marienburg, 1274 vom Hochmeister Konrad von Tierenberg am rechten Nogatufer gegründet, stellte das mit Abstand bedeutenste Bauwerk des Deutschen Ordens dar. Der Nordflügel mit Kirche und Kapitelsaal des Hochschlosses wurden bereits 1280 vollendet, doch zog sich die komplette Fertigstellung der Anlage bis 1398 hin.

Seitdem Hochmeister Siegfried von Feuchtwangen 1309 den Hochmeistersitz des Ordens von Venedig nach Marienburg verlegt hatte, fanden hier die großen Kapitel des Gesamtordens statt, an denen auch der Deutschmeister und der Meister in Livland teilnahmen. Hier wurden auch die Hochmeister und die fünf Gebietiger des Ordens gewählt.

Auch die Marienburg betrieb, aufgrund der Erfahrungen, die der Orden in der Vergangenheit mit Belagerungen gemacht hatte, eine enorme Lagerhaltung. So berichtet Sire de Lannoy, der 1412 zu Gast auf der Marienburg war, dass dort Vorräte für 1.000 Mann und 10 Jahre gehortet seien.

Die Burg war für die Gegner des Ordens uneinnehmbar. Heinrich von Plauen konnte die Burg nach der verlorenen Schlacht von Tannenberg 1410 gegen die Polen und Litauer über Monate erfolgreich verteidigten, was dem Orden auch 1454 erneut gelang. Doch als der Orden aufgrund der Zahlungen an die Söldner in Geldschwierigkeiten geriet, musste die Marienburg 1455 an die Söldner verpfändet werden, die nichts Eiligeres zu tun hatten, als diese zu einem Spottpreis an die Polen zu verkaufen. Am 7. Juni 1457 zog der König von Polen in die Marienburg ein, die Hochmeister Ludwig von Erlichshausen erst tags zuvor Hals über Kopf verlassen hatte, um nach Königsberg zu flüchten. Trotz der Übergabe der Burg konnte sich die Stadt Marienburg noch bis 1460 verteidigen, mußte Ihren Widerstand aber aufgeben, da die Vorräte zur Neige gingen. Bürgermeister Bartholomäus Blume, neben Heinrich Reuss von Plauen Anführer der Verteidiger, wurde hingerichtet. Im zweiten Thorner Frieden 1466 kamen Stadt und Burg formell zu Polen.

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